Относно програмирането на Атмегата: най-лесния начин е да се използва Ардуино платка с Атмега 328P чип на цокъл, да се програмира през Arduino IDE и след това чипа да се премести на картата. Разбира се това оставя Ардуино платката без чип.
Другия начин е да се използва самата Dan ][ Controller карта за да се запише бутлодер на нов Атмега чип - аз използвах този начин. Свързах ICSP конектора на Ардуиното за ICSP конектора на картата 1:1, с изключение на пин 5, който свързах към пин 10 на Ардуиното. Трябваше също да затворя JP1 и JP5, така че Атмега чипа на картата да може да се захрани през ICSP конектора. Също и двата микроSD слота трябва да са празни. След това от Arduino IDE записах ArduinoISP скеча на Ардуиното и записах бутлодера на новия Атмега чип oт Tools -> Burn Bootloader. След това новия чип може да се премести на Ардуино платката и да се програмира през нея.
Относно форматирането на SD картата на FAT, което си е FAT16: Може да се направи и от Windows, обаче ако SD картата е по-голяма от 4 GB, Windows не дава опция да се форматира на FAT. Аз имам само 8 GB SD карти, затова използвах Run -> DISKPART да изтрия партишъна и да създам нов 4 GB партишън. В Github aвтора е дал пример със 512 MB партишън, но картата работи със 4 GB партишъни. DISKPART командите могат да бъдат видени в последната снимка.